Dopo aver attratto l'attenzione del mondo letetterario nazionale con il suo libro del 1997 Prigioniero del Papa Re, finalista per il National Book Award nella sezione  Nonfiction, seguito dal bestseller del 2001, I Papi contro gli Ebrei: il ruolo del Vaticano nell'ascesa dell'antisemitismo moderno, David Kertzer e' divenuto  l'esperto americano di maggior spicco nella storia moderna delle relazioni tra il Vaticano e gli Ebrei. Il suo libro Prigioniero del Vaticano, pubblicato nel novembre del 2004, ha ottenuto brillanti recensioni ed e' stato selezionato tra i migliori libri dell'anno da  Publishers Weekly. Basato su documenti dagli archivi papali resi disponibili recentemente, il libro narra la storia inedita dei tentativi papali di rovesciare il nuovo stato italiano e di riprendere Roma nel corso del tardo ottocento. Il sul ultimo libro, Amalia's Tale, uscito in marzo del 2008 (edizione italiana Rizzoli in prossima uscita), narra la vicenda di una donna italiana analfabeta che contrasse la sifilide durante l'allattamento di un bambino in un brefotrofio locale e intraprese, di conseguenza, una lunga battaglia legale contro le istituzioni e l'aristocrazia medica.

Nel 1992 David Kertzer e' divenuto professore della cattedra di scienze sociali "Paul Dupee, Jr." alla Brown University, dove detiene anche cattedre in antropologia e studi italiani. Nel 2006 Kertzer e' stato nominato Provost della Brown University. In precedenza e' stato professore della cattedra di antropologia "William Kenan" al Bowdoin College e docente in visita alle Universita' di Catania e Bologna in Italia, e alla Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales e la Ecole Normale Superieure a Parigi.

Kertzer ha ricevuto numerosi riconoscimenti: una borsa Guggenheim, una borsa del National Endowment for the Humanities, due borse Fulbright, diversi premi di ricerca dalla Fondazione Nazionale delle Scienze (National Science Foundation) e dagli Istituti Nazionali per la Salute (National Institutes for Health research) awards, una borsa annuale al Centro per gli Studi Avanzati delle Scienze Comportamentali (Center for Advanced Study in the Behavior Sciences) di Stanford, and una residenza all'Accademia Americana di Roma. Nel 2005 e' stato eletto membro dell'Accademia Americana delle Arti e delle Scienze.

Oltre ad aver scritto ed edito numerosi libri, ed essere co-fondatore della rivista accademica Rivista di Studi Italiani Moderni (Journal of Modern Italian Studies), Kertzer e' stato autore di molti articoli di fondo per diverse testate giornalistiche - come il Washington Post, il Christian Science Monitor, e il Baltimore Sun.  Il suo giornalismo popolare include una storia apparsa sulla TV Guide: una prospettiva antropologica del Super Bowl. Kertzer ha pubblicato tre articoli di fondo per il New York Times, uno nel 1998 riguardo l'apertura degli archivi dell'Inquisizione, un secondo nel 2000 riguardo le scuse di Papa Giovanni Paolo II agli Ebrei, e un terzo nel 2002 sull'anti-semitismo musulmano contemporaneo.

Il suo libro Prigioniero del Papa Re ha avuto un ruolo centrale nella controversia riguardo il processo di beatificazione di Papa Pio IX. Il libro narra che nel 1858, dietro ordine dell'Inquisizione, un bambino ebreo di sei anni fu separto dalla sua famiglia di Bologna, che a quel tempo era parte degli Stati Pontifici. Il motivo di questo gesto fu ricondotto al presunto battesimo del bambino da parte di una serva, senza che i genitori ne sapessero alcunche'. Gli inquisitori decretarono che il bambino era divenuto cattolico e come tale non poteva rimanere presso la sua famiglia ebrea. La polizia strappo' il bambino dalle braccia del padre e fu l'inizio di una saga drammatica. Nonostrante le proteste internazionali, Papa Pio IX si rifiuto' di restituire il bambino e acquisi' di fatto il ruolo di padre surrogato. La forte controversia che ne segui' contribui' l'anno seguente alla caduta degli Stati Pontifici. Nel corso dell'estate del 2000, numerosi articoli pubblicati sul New York Times, il Washington Post (in un lungo pezzo di prima pagina), la rivista Time, il Chicago Tribune, e su molte altre testate hanno accostato il lavoro di Kertzer alla controversia sulla beatificazione. Nel settembre del 2000, due giorni prima che Papa Giovanni Paolo II presiedesse alla cerimonia, Kertzer e'stato protagonista di un dibattito con uno degli arcivescovi vaticani responsabili del processo di beatificazione, trasmesso in diretta su un programma radio nazionale italiano. Kertzer e' anche apparso in uno speciale televisivo sulla controversa beatificazione, trasmesso in Settembre dalla rete televisiva nazionale PBS.

I Papi contro gli Ebrei e' una risposta alla relazione della Commissione Vaticana del 1998 sulla responsabilita' della chiesa nell'olocausto. Prodotta su richiesta del Papa e redatta nel corso di undici anni, la relazione conclude che i papi hanno sempre agito amichevolmente nei confronti degli Ebrei e che la chiesa non ha avuto alcuna responsabilita' nello sviluppo dell'anti-semitismo moderno. Attraverso l'uso di documenti dell'archivio dell'Inquisizione mai consultati prima d'ora e di numerosi testi provenienti da altri archivi vaticani, Kertzer ha dimostrato come la relazione sia in verita' il frutto di una speranza piu' che di una certezza. Kertzer ha portato alla luce la verita' su come i papi trattarono gli ebrei quando li ebbero in loro potere - come fecero a Roma fino al 1870 - e come nei decenni sucessivi il Vaticano opero' nell'ombra per lo sviluppo di un movimento antisemita moderno. Il libro ha ricevuto brillanti recensioni negli Stati Uniti, Gran Bretagna, Germania ed Italia. E' stato discusso sulla National Public Radio americana da Sylvia Poggioli.

Una versione teatrale di Prigioniero del Papa Re e' stata scritta dal Premio Pulitzer Alfred Uhry, autore di “A spasso con Miss Daisy,” “L'ultima notte al Ballyhoo,” e altre premiate rappresentazioni, ed ha debuttato all'Hartford Stage nel 2002. Una nuova versione della rappresentazione e' stata messa in scena al Guthrie Theater di Minneapolis dal 4 novembre al 17 dicembre 2006.